Транскрипция cushion: перевод, произношение, транскрипция, примеры использования

Содержание

перевод на русский, синонимы, антонимы, произношение, примеры предложений, транскрипция, определение,значение, словосочетания

Варианты

(v1)

Варианты

(v2)

noun
подушкаpillow, cushion, pad, chock, saddle, bearer
бортboard, bead, side, broadside, bort, cushion
диванная подушкаcushion, squab
воздушная подушкаairbag, air cushion, cushion
упругая прокладкаcushion
verb
смягчатьsoften, mitigate, remit, alleviate, moderate, cushion
замалчиватьhush up, suppress, sink, cushion, suppress discussion, avoid giving publicity
подкладывать подушкуcushion
обходить молчаниемelide, pass by in silence, cushion
защищатьprotect, defend, advocate, uphold, guard, cushion

Предложения со словом «cushion»

I’m afraid this poor girl is a pin cushion .

Боюсь, что эта бедная девушка напоминает подушку для булавок.

He watched her kneel awkwardly on the cushion opposite.

Он посмотрел на ее колено, неловко положенное на подушку .

Her right hand brought out her stiletto dagger from her white obi and she placed it on the cushion in front of her.

Правой рукой она достала из — за оби узкий нож и положила его на подушку перед собой.

He activated the air cushion and withdrew the supports, so that the crystal floated before them.

Активировал воздушную подушку и выдернул подставки, так что кристалл стал парить перед ними.

His eloquence was arrested abruptly, as Tuppence threw a cushion at him and requested him not to talk nonsense.

Поток его красноречия был прерван запущенной Таппенс подушкой и просьбой не молоть чепухи.

Then he placed the cushion against Barger’s head, pushed the muzzle of the gun into the fabric, and pulled the trigger.

Потом он приставил подушку к голове Баргера, утопил дуло пистолета к ткани и спустил курок.

You need to start your life, not cushion the fall for him.

Тебе надо начать жизнь с начала, а не смягчать его удары.

I puffed a deep breath into my cheeks, slumped back against the cushion of the booth.

Я сделала глубокий выдох и откинулась на спинку стула.

Did you happen to find a little pin cushion in here anywhere, Father?

Вы не видели случайно подушечку для иголок, Отец?

Mnov-korthe made no effort to cushion her fall, jumping back instead out of her way as she crashed to the floor with a grunt of pain.

Мнов — корт даже не попытался подхватить ее, наоборот, отпрыгнул подальше, когда она рухнула с болезненным стоном.

Then I moved him to his straw cushion and went reluctantly to my afternoon lessons and chores.

Тогда я перенес его на соломенную подстилку и неохотно занялся своими дневными уроками.

Services may act as a cushion during periods of economic recession to mitigate manufacturing swings.

В периоды экономических спадов сектор услуг может играть роль буфера, смягчая последствия резких колебаний в сфере промышленного производства.

They should cushion families and children against deprivation which may push families to discard their children and/or children to enter exploitative trades.

Им следует позаботиться о том, чтобы семьи и дети не испытывали лишений, которые могли бы вынудить семьи отказываться от заботы за своими детьми и/или привести к эксплуатации детей.

If possible within these constraints, place the thighs of the dummy in contact with the seat cushion .

Бедра манекена, если это возможно при данных условиях, должны соприкасаться с подушкой сиденья.

The cavalry is on its way, armed with pinking shears and a fully loaded pin cushion .

Кавалерия направляется к тебе, вооруженная ножницами и подушками с иголками.

Probably just stuffed the handkerchief in the cushion here as a Hail Mary bread crumb to get Voss busted.

Вероятно, просто подписанный носовой платок здесь, в подушке как хлебная крошка отчаянной попытки привести к аресту Восса.

Yeah, I get that — a little extra cushion for the, uh.

Да, я получил, этот дополнительный валик для, Э — Э.

Announcing the abolition of the hukou system might be easy, but it would mean little without institutions that can cushion the risks faced by rural migrant workers in China’s cities.

Объявить об отмене системы прописки «хукоу» может быть легко, но это будет играть небольшое значение в случае отсутствия институтов, которые смогут смягчить риски, с которыми сталкиваются в китайских городах рабочие — мигранты из сельской местности.

They do not have the luxury of cobbling together fiscal-stimulus packages or rescuing ailing industries in order to cushion the shock brought about by the economic crisis.

Они не могут позволить себе роскошь направить финансовые стимулирующие пакеты или спасительные меры для промышленности, чтобы амортизировать шок, который нанес экономический кризис.

An Australian study recently suggested jogging improves the composition of the cushion-like discs in your spine, reducing wear and tear.

Согласно недавнему австралийскому исследованию, бег улучшает строение межпозвоночных дисков, уменьшая износ и вероятность их травмирования.

I should like to stick you full of barbed arrows like a pin cushion .

Мой милый, я хотел бы утыкать вас стрелами, как подушечку для булавок.

The cost of imported Western goods has certainly skyrocketed for regular Russians, but those with oil incomes have more cushion against these inflationary pressures.

Конечно, для простых россиян цены на западные товары резко подскочили, однако для тех, кто получает прибыль от продажи нефти, инфляция не так ощутима.

It funded the investment imperatives of economic development and boosted the cushion of foreign-exchange reserves that has shielded China from external shocks.

Они профинансировали инвестиционные императивы экономического развития и увеличили подушку валютных резервов, которые защитили Китай от внешних потрясений.

Ergonomic heated seat cushion

Эргономическая подушка для сиденья с подогревом.

Lastly, under this cushion of liquid helium lies Earth’s nucleus.

И, наконец, под оболочкой жидкого газа находится земное ядро.

You really should have borrowed Richard Hammond’s booster cushion .

Тебе надо было одолжить детское сиденье у Хаммонда.

I never wanted to sit on a cushion and sew a fine seam.

Я никогда не хотела сидеть на подушках и вышивать.

He put the poker back and got the cushion out of Mother’s chair and gave it to Ben, and he hunkered down in front of the fireplace and got quiet.

Поставил, с матушкиного кресла взял подушечку , дал Бену, тот ссутулился перед камином на полу и замолчал.

Oh, I have some news, said a pretty brunette named Leonie as she leaned over her cushion to crimp some rose petals.

Да, вы еще не знаете, — сказала хорошенькая брюнетка Леони, нагибаясь над подушечкой и гофрируя на ней розовые лепестки.

You are afraid of life-as afraid of it as an Oriental who sits all day on a cushion smoking his hookah.

Вы боитесь жизни, боитесь, как азиат, тот самый, который по целым дням сидит на перине и курит кальян.

This cushion was unzipped, this cover wasn’t straight, the corner of this carpet’s folded over, the books aren’t quite flat against the shelves.

Расстегнут чехол диванной подушки , покрывало лежало криво, отогнут угол этого ковра, книги на полках стоят неровно.

Detective Sergeant Wilson deposed to the finding of the blowpipe behind the cushion of one of the seats.

Детектив — сержант Уилсон показал, что он нашел духовую трубку за подушкой одного из кресел.

I must cushion the pull of the line with my body and at all times be ready to give line with both hands.

Я должен беспрерывно ослаблять тягу своим телом и быть готов в любую минуту опустить бечеву обеими руками.

These three strata of the Olivine Belt repose on a cushion of helium gas condensed to a liquid state, the product of atomic disintegration.

Эти три слоя Оливинового пояса покоятся, как на подушке , на слое сгущенного, до жидкого состояния, газа гелия, получающегося как продукт атомного распада.

I pressed my face against the cushion .

Я прижалась лицом к подушке .

Benjamin. she said. Take that cushion away, Candace.

Бенджамин, — сказала мама. — Убери эту подушку Кэндейси.

Take that cushion away, like I told you. Mother said. He must learn to mind.

Я сказала: убери подушку , — сказала мама. — Его надо научить слушаться.

First there marched four officers of the jeddak’s Guard bearing a huge salver on which reposed, upon a cushion of scarlet silk, a great golden chain with a collar and padlock at each end.

Впереди шли четыре офицера гвардии джеддака и несли на пурпурной подушке большую золотую цепь с браслетами и замками по концам.

The Archbishop of Canterbury lifted up the crown of England from its cushion and held it out over the trembling mock-King’s head.

Архиепископ Кентерберийский взял с подушки корону Англии и поднял ее над головой дрожавшего всем телом мнимого короля.

Grandfather Smallweed immediately throws the cushion at her.

Дедушка Смоллуид незамедлительно швыряет в нее подушкой .

Grandfather looks at the cushion but has not sufficiently recovered his late exertion.

Дедушка смотрит на подушку , но чувствует, что еще не совсем оправился после своего давешнего подвига.

‘No, that won’t do,’ I said. ‘You’ll be content with the cushion , Master Heathcliff.

Нет, так не годится! — сказала я. — Хватит с вас подушки , мастер Хитклиф.

She took her seat on the leather cushion and the motorcycle sped off.

Она села на кожаную подушку , и мотоцикл полетел вдоль дороги.

Mr Goby emphasised the last point by nodding his head significantly at a cushion on the sofa.

Последние слова мистер Г оби подчеркнул многозначительным кивком в сторону диванной подушки .

By Jove, Will, it was all I I could do to prevent myself from throwing the sofa- cushion at her.

En — богу, Уил, я едва — едва сдержался, чтобы не запустить в нее диванной подушкой !

I’m really not familiar enough with the cushion densities, air flow patterns and dispersion of unlight to make an informed choice.

Я действительно не слишком хорошо знаком с плотностью диванных подушек , моделью потоков воздуха и дисперсией солнечного света, чтобы сделать осознанный выбор.

An old Pekinese sat upon a cushion on a door step, its mouth drooling.

Старый пекинес сидел на подушечке рядом с входной дверью, из полураскрытой пасти его текла слюна.

Emily dearest, I think that cushion is a little damp.

Эмили, дорогая, боюсь, что подушечка немного влажная.

I’m not going to buy a hemorrhoid cushion .

Я не собираюсь покупать подушечку от геморроя.

Sit in this chair, it has a cushion .

Сядь в кресло, там подушечка .

I wish we had watched Andy’s Magic Cushion .

l ХОТЕТЬ, чтобы мы понаблюдали Волшебная Прокладка Энди.

I hate arriving early, and besides, we have a five or six hour cushion on the other side.

Ненавижу прибывать рано, и, кроме того, у нас есть пять или шесть часов на борту самолета.

I was positing a theory to help cushion the blow for you.

Я придерживаюсь теории — смягчать удар.

I’ve been using it to cushion insults for years.

Я так смягчаю оскорбления много лет.

Miss Janis… you’re a great cushion .

Джанис, Вы прекрасно смягчаете.

I have often thought that perhaps formal good manners may be a cushion against heartbreak.

Я часто думаю, что обрядность может смягчить муку, не дает сердцу разбиться.

Are you bringing flowers to a patient to cushion the blow of a terminal diagnosis?

Вы несёте цветы пациенту, чтобы смягчить потрясение от смертельного диагноза?

Well, you know, a young person has got a bit of fat in… on them, something to cushion the splat.

Ну , знаешь, у молодого человека есть немного жира, что — то, чтобы смягчить звук шлепка.

We call it the Tideymans test, because only Tideymans carpets have the absorbency and luxurious shag pile bounce that can cushion a fall from even the highest of buildings.

Сейчас мы на ваших глазах проведем уникальный тест Тайдимена, ибо только ковры Тайдимена обладают длинным, толстым упругим ворсом, способным смягчить падение даже с верхних этажей.

as if figuring it out will somehow cushion the blow.

Как будто предсказания могут смягчить удар.

перевод на русский, синонимы, антонимы, произношение, примеры предложений, транскрипция, значение, словосочетания

Two brocade cushions faced each other on the tatamis.

На татами друг против друга были положены две парчовые подушки .

The desks would be painted and the chairs would have cushions .

Парты были бы разукрашены, а на стульях были бы подушки .

Near it there is a sofa with some cushions .

Возле него находится диван с подушками .

He opened the rear door and I got in and sank down into the cushions and George slid under the wheel and started the big car.

Он открыл заднюю дверцу, и я забрался на мягкое сидение.

Looks like low-grade foam rubber, the kind used in inexpensive throw pillows, chair cushions , and cheap furniture.

Похоже на низкосортный поролон, который используется в дешевых подушках , обивке в стульях и мебели.

Then she bent over the cushions , reached out her hand, and from the couch arose the form of a young girl, fresh and beautiful as a May morning.

Потом она протянула руку и помогла подняться девочке, свежей и прекрасной, как майское утро.

We often passed the shop, and every time George paused and examined those cushions .

Мы часто проходили мимо, и Джордж каждый раз останавливался и рассматривал их.

On one of the low platforms lay what looked to be furry animal hides, cushions , and a low table with bowls of food and pitchers and goblets of drink.

На невысокой платформе, устланной мохнатыми звериными шкурами, лежали подушки , а рядом находился маленький столик.

Korba was brought in, seated at a low table with cushions beside it on the chamber floor below the dais.

Корбу ввели, усадили на подушки возле низкого стола, неподалеку от подножия трона.

Not a toothpick, not the spare change between the couch cushions , not the panties out of the hamper.

Ни зубочистку, ни мелочь между диванными подушками , ни даже трусики из корзины.

She sank into the easy chair, groaning as the cushions swallowed up her heavily pregnant frame.

Она опустилась в кресло и застонала, когда ее тяжелое тело утонуло в мягких подушках .

Its silken cushions and hangings had been stolen or destroyed by moth and mouse and mold.

Шелковые подушки и занавеси были украдены или сожраны молью, мышами и плесенью.

They were puffy with edema, like little foot-shaped air cushions .

Из — за отеков ступни были похожи на маленькие пухлые подушечки .

And a pair of bolster cushions , and a fake-fur throw.

И пару подушек , и покрывало из искусственного меха.

An old couch stood in one corner of the kitchen, its springs flowering through the rotting cushions .

Угол кухни отгораживал старый диван, который топорщился вылезшими сквозь истлевшую обивку пружинами.

They had a pile of cushions and pillows, which they dumped on the deck.

Они принесли гору подушек и свалили их на палубу.

There were seats with hand-embroidered cushions on them, and there were tapestries covering the windows and the doors.

На сиденьях лежали украшенные ручной вышивкой подушки , двери и окна закрывали гобелены.

Bedding, blankets, pots, all lay scattered across the stone floor amid slashed cushions and pillows.

Распоротые и располосованные подушки и одеяла валялись на каменном полу вперемешку с осколками разбитой посуды.

And the house has the same smell of pot-pourri, flowers, tobacco, books, and sofa cushions .

В доме стоит все тот же смешанный запах цветов, табака, книг и диванных подушек .

The seats had white velvet cushions upon them and the cushions were splendidly embroidered with threads of gold.

На сиденьях были бархатные, белые, расшитые золотом подушки .

The man behind the desk had to be sitting either in a very tall chair or atop a heap of cushions , for he couldn’t have stood much over four feet.

Человечек за столом сидел на очень высоком стуле или на высокой стопке подушек .

Well, I don’t have it, so start pulling up pillow cushions .

У меня его нет, так что начинай перетряхивать подушки .

This versatile, cost-efficient system produces adjustable height cushions for various sized applications.

Универсальные и экономичные системы выпускают регулируемые по высоте валики требуемых размеров.

When the Prestige sank off the coast of Spain, there were big, floating cushions the size of sofa cushions of emulsified oil, with the consistency, or the viscosity, of chewing gum.

Когда нефтяной танкер Престиж затонул у берегов Испании, по воде плавали большие подушки эмульгированной нефти с вязкостью и тягучестью жевательной резинки.

In 2008-09, the country’s ample cash and fiscal cushions were used to cope with the crisis.

В 2008 — 2009 гг., чтобы справиться с кризисом, были использованы обширные денежные массы и бюджетные резервные запасы страны.

Zoe sat amidst numerous cushions on a wide divan, her feet tucked up under her.

Зоя Монроз сидела, подобрав ноги, на широком диване среди множества подушечек .

Sandwiches had a tendency to become mislaid during these pauses, and to vanish down between the cushions of the seats.

В такие минуты положенные куда попало бутерброды исчезали, проваливались между подушками сидений.

ugly, old and surly, always glued to her TV while her fat cat dozes on cushions covered with crocheted cases in a stink of bean stew.

уродливая, старая и неприветливая, всегда прикованная к своему телевизору в то время как её толстый кот дремлет на диванных подушках с трикотажными чехлами в зловонии бобового тушеного мяса.

frayed cushions and moldy walls.

Вытертые подушки . Стены, поросшие плесенью.

Up until the lunch break, everybody in Finance and Accounting fidgeted on their stools and cushions , dying of curiosity.

До обеденного перерыва весь финсчет ерзал на своих табуретах и подушечках , томимый любопытством.

She sat upon cushions and leaned against an empty box and barrel, robe bespread, which formed a defence from the invading draughts.

Она восседала на принесенных из кареты подушках , прислонившись к пустому ящику и бочонку, устланным пледами и защищавшими ее от порывов сквозного ветра.

It was only then that she turned her head and saw the face of the woman who had sagged back against the cushions .

Лишь после этого она повернула голову и увидела лицо женщины, откинувшейся на диванные подушки .

Scarlett would have suffered agonies of humiliation at having friends find her without draperies and carpets and cushions and the proper number of chairs and teacups and spoons.

Скарлетт умерла бы от унижения, доведись ей принимать друзей в доме, где нет ни штор, ни ковров, ни диванных подушек , ни нужного количества стульев или чашек и ложек.

She has thrown herself upon the floor and lies with her hair all wildly scattered and her face buried in the cushions of a couch.

Она бросилась на пол и лежит, зарывшись лицом в диванные подушки , а волосы ее разметались в беспорядке.

Don’t you dare use my best cushions from the front room!

Только попробуй тронуть мои лучшие диванные подушки из гостиной!

There aren’t enough cushions . .. so I’ll be the one to use it.

Здесь недостаточно диванных подушек … Поэтому я возьму это.

Yeah, I found it between the sofa cushions .

Я нашла его в диване.

With my brother we used to play that we had to step on cushions , pillows, clothes, ’cause touching the floor meant the end of the world.

Мы с моим братом раньше играли в эту игру, мы ходили по дивану, подушкам , одежде, а касание пола означало конец всему земному существованию.

He sat stiffly on the vast, gray cushions of his limousine, not looking at her.

Он сидел, выпрямившись на больших серых подушках сидений своего лимузина, и не смотрел в её сторону.

Scarlett gasped, and, for a moment, shrank back against the cushions .

Скарлетт ахнула и инстинктивно отстранилась от него, глубже уйдя в подушки сиденья.

With our travel budget of whatever’s in the couch cushions , the world is our oyster.

А наш бюджет на путешествие — все что завалялось в диване, ведь мир — наша раковина.

An ugly pile of rubble was lying on the road: pistons, cushions , springs.

На дороге валялась безобразная груда обломков: поршни, подушки , рессоры.

To Tom Canty, half buried in his silken cushions , these sounds and this spectacle were a wonder unspeakably sublime and astonishing.

Для Тома Кенти, утопавшего в шелковых подушках , эти звуки и это зрелище были чудом, несказанно великолепным, поразительным.

Formica table tops, plastic cushions and cups and saucers were all canary colour.

Столы, пластиковые подставки, чашки и блюдца — все сияло канареечным цветом.

It sat among cushions and was surrounded with rag dolls and other toys in modern excess.

Она сидела меж подушек , на полу валялись тряпичные куклы и, как теперь принято в семьях, множество игрушек.

Okay, so, the cushions are gonna be, like, rocks or tiny islands or lily pads that can take your weight.

Подушки — это, предположим, камни, или островки, или кувшинки, которые выдержат твой вес.

Do you know I couldn’t sleep for a month because I got a dot of ink on one of the sofa cushions ?

А ты знаешь, что я месяц не спала потому что поставила чернильное пятно на диванной подушке ?

I took off the slipcovers, had them dry-cleaned and then fumigated the cushions .

Я сняла чехлы, отдала их в химчистку, а после продизенфицировала подушки .

Used to cut foam for furniture cushions .

Использовались для разрезания мебельных подушек .

I’m gonna check my office for whoopee cushions .

Пойду, поищу в своем кабинете пукательные подушки .

Horsehair curling out of seat cushions , fenders battered and hammered back.

Конский волос клочьями торчит из подушек , помятые, облупившиеся крылья.

loved to buy scatter cushions and throw them around the gaff.

нравилось покупать декоративные подушки и разбрасывать их по дому в выходной.

The hot tears welled into his eyes; he tore his hand away, and, flinging himself on the divan, he buried his face in the cushions , as though he was praying.

Горячие слезы подступили к глазам Дориана, он вырвал свою руку из руки Холлуорда и, упав на диван, спрятал лицо в подушки .

See how this bit of celadon in the border is picked up by these cushions ?

Посмотрите, как эта часть цвета морской волны возвышается благодаря подушкам .

He’s been carving up cushions before he even committed the robbery.

Он разрезал подушки до того как совершил ограбление.

They tenderly lifted Toad into the motor-car and propped him up with soft cushions , and proceeded on their way.

Они осторожно подняли мистера Тоуда, и отнесли в машину, и подложили мягкие подушки , а потом двинулись дальше.

Zoe sank back on the cushions and Rolling looked gloomily at her.

Роллинг невесело посмотрел на нее.

In the confusion of cushions and quilts and curtains, at first few of the attendants’ blows found me.

Среди подушек , шестов и занавесей первые удары телохранителей почти не чувствовались мной.

I am here, on my knees holding up these couch cushions as a symbol of my sorrow and regret.

Вот он я, стою на коленях держу эти диванные подушки как символ своих скорби и раскаяния.

She glanced at the cushions , squashed out of shape.

Она с отчаянием посмотрела на мятые подушки .

cushion — перевод на русский в контексте, транскрипция кушен с английского на русский примеры

Bring the cups.

Ismael’s doing his cushion thing.

Not so loud.

Принеси чашки.

Исмаель укачивает подушку.

Не так громко.

Скопировать

Are you crazy?

I loved that cushion!

— I’ll get it.

Ты с ума сошел?

Я так любила эту подушку!

Я ее принесу.

Скопировать

— Not now…

I’ll get the cushion.

Jealous…

— Не сейчас. ..

Меня это смущает, лучше схожу за подушкой.

О, какая ревность…

Скопировать

sit on me with your cushion-butt?

It won’t hurt, ’cause it’s a cushion-butt.

Okay. If you could be the princess in any country, what country would it be?

Сядешь на меня своей жоподушкой?

Мне не будет больно, это же жоподушка.

Если бы ты могла быть принцессой в любой стране, ты бы какую выбрала?

Скопировать

I’m an evil mastermind.

Kelso, is there a cushion glued to my butt?

No. Not glued, superglued.

Я злобный гений.

Келсо, ты приклеил подушку к моей заднице?

Нет, не просто приклеил.

Скопировать

Please do.

Offer him a cushion.

No need, thank you.

Да пожалуйста.

Дайте ему подушечку.

Не нужно, спасибо.

Скопировать

Hey, hey, Kenny.

Cushion, bank manager.

Bank manager, bank manager!

Эй, Эй, Кенни.

Подушки, менеджер банка.

Bank manager, bank manager!

Скопировать

«Gift Day.» You idiots.

A whoopee cushion?

What are you, two?

«День подарков». Во идиоты.

Подушка-перделка?

Тебе что, 2 года?

Скопировать

What are you gonna do…

sit on me with your cushion-butt?

It won’t hurt, ’cause it’s a cushion-butt.

И что ты сделаешь?

Сядешь на меня своей жоподушкой?

Мне не будет больно, это же жоподушка.

Скопировать

Thanks for the tip.

Maybe I can use your body to cushion the blow.

HIGH PRIEST: I doubt my form would provide you much protection.

Спасибо за совет.

Может, я смогу воспользоваться твоим телом, чтобы смягчить падение.

Я сомневаюсь, что моя форма даст тебе много смягчения.

Скопировать

-Too late.

Here’s a cushion with a Chinese pattern.

25 öre.

— Слишком поздно.

Вот подушка с китайским рисунком.

25 крон.

Скопировать

After all, they are emotionally inexperienced, with only a few years … in which to store up the experiences which you and I take for granted.

If we gift them with a past, we create a cushion or a pillow for their emotions … then consequently

Memories.

Ведь они эмоционально неопытны, у них всего несколько лет для хранения опыта, который мы с вами воспринимаем, как должное.

Если мы одариваем их прошлым, то создаем некую подушку, амортизатор для их эмоций и тогда, как следствие, мы можем лучше их контролировать.

Воспоминания.

Скопировать

That chair’s uncomfortable.

I’ll bring you a cushion.

No, I’m fine.

У тебя стул неудобный.

Я принесу подушку.

Нет, мне удобно.

Скопировать

Knock yourself out.

Why does she want your seat cushion?

I don’t know why she brought it, I don’t know why she’s taking it.

ЧАРЛИ Забирай.

АЛАН Зачем ей твоя подушка?

ЧАРЛИ Не знаю, зачем она её принесла, и зачем забирает. Ну, ладно.

Скопировать

It turns out we’re not gonna need a babysitter tonight. No problem.

I’m gonna take this seat cushion, okay?

Knock yourself out.

И оказывается нам сегодня не нужна няня.

РОУЗ Хорошо. Тогда я заберу подушку для кресла?

ЧАРЛИ Забирай.

Скопировать

Leave him.

I don’t want him bleeding over my cushion.

— Here you are, Harry.

Оставьте его.

Не хочу, чтобы он заляпал кровью подушки.

— Вот возьми, Гарри.

Скопировать

They’re having themselves a little dance tomorrow night.

Enough we could take there for a small cushion for the Zelton job?

Sunday night?

Они будут танцевать завтра ночью.

Мы могли немного отдохнуть перед зелтонской работой.

В воскресенье вечером?

Скопировать

Very well! Please go up.

Light like a down cushion!

It is true.

Полезайте на спину.

Лёгкая, словно подушка!

Это точно.

Скопировать

— What is it?

Lannington was smothered to death with a cushion.

Two of them.

— Что это такое?

Леннингтон был задушен подушкой.

Двое из них.

Скопировать

There my darling will pray.

You must have a cushion.

Is this armchair to your liking?

Здесь, моя дорогая, Вы будете молиться.

У Вас будет подушечка.

Вам нравится это кресло?

Скопировать

Look at that!

Last time, a dog came and ripped my cushion.

What should I throw at you?

вы гляньте.

В тот раз собака мне подушку изгрызла.

Чем бы тебя обезвредить?

Скопировать

Oh, it is you, Sir.

bring him a cushion.

Don’t worry about that.

Здравствуйте, офицер.

Принеси ему подушку.

Не беспокойтесь об этом.

Скопировать

We’re still having security problems.

Dad, there is nothing to sleep on except a cushion on the floor.

We can get you a real bunk off the Enterprise.

У нас всё ещё есть проблемы с безопасностью.

Пап, тут неначем спать, кроме

подушки на полу!

Мы можем достать тебе настоящую койку с Энтерпрайза.

Скопировать

Dad’s birthday is tomorrow… I hope he’s happy with it.

He should be… with a cushion and a record… he’ll love Paganini!

I like the haircut… now we almost look like brothers!

Завтра папин день рождения — Я надеюсь он будет счастлив.

Ему должно понравиться—с подушкой и записью… он будет любить Паганини!

Мне нравится стрижка — сейчас мы как братья!

Скопировать

BUT IF YOU DIDN’T MEAN TO STAY WITH ME, YOU’D BETTER NEVER HAVE COME.

THOSE THAT NEVER HAD A CUSHION DON’T MISS IT. NAY, NAY, AUNT!

I SAID I’D STAY ONLY FOR AS LONG AS I’D BE OF ANY COMFORT TO YOU. AND WHO SAID YOU’VE LEFT OFF

Если ты не хотела остаться со мной, лучше б не приезжала.

Кто не знал подушек, и без них выспится.

Нет, я же обещала остаться, пока смогу утешать вас.

Скопировать

I had a bath, I did not delay any more than ten minutes.

While returning, it had that in the cushion.

— Only two words: » To I halve it. «

Я принимал ванну.

Отсутствовал не больше десяти минут, а когда вернулся, нашёл вот это.

— Всего три слова: в 12 часов.

Скопировать

— Second question…

Someone of the house put the message in the cushion of the Waverly.

— Yes, it does sense.

— Пункт второй.

Кто-то из своих должен был подкинуть записку в комнату мистера Вэйверли.

— Да, согласен.

Скопировать

She just wants to try it.

But we can still date — like this is supposed to cushion the blow.

I got married so I could stop dating, so still dating is not a big incentive since the last thing you wanna do is date your wife, who should love you.

Просто попробовать.

Но мы можем встречаться. — Как будто это может смягчить удар.

Я женился, чтобы перестать встречаться, поэтому свидания — не стимул. Кому захочется назначать свидания собственной жене, которая тебя любит.

Скопировать

And, clear, for sale of work.

She knows, wanted, of certainty that this cushion is wet.

Allow me.

И благотворительную распродажу.

По-моему, подушка свалилась, дорогая.

Позволь мне.

Скопировать

Have a safe trip and have fun.

I can’t find the inflatable cushion.

It has to be here.

Отдыхайте. — Спасибо.

— Никак не найду надувную подушку. — Должна быть там.

Ищи лучше.

Скопировать

Показать еще

100 самых популярные английских слов на тему Дом и быт с переводом и произношением

Здесь мы собрали для вас 100 самых популярные английских слов на тему Дом и быт. В этот список слов-существительных вошли: части дома, помещения и предметы домашнего обихода, а также другие часто употребляемые слова на эту тему.

Все слова помимо русского перевода и фонетической транскрипции и имеют правильное произношение этих слов и упражнения для лучшего запоминания под списком, вы также можете пройти тест на знания лексики на эту тему.

  • Слова из темы
  • Учить слова
Слово Перевод
6157 mp3″>aerial

[ˈeərɪəl]

ˈэариэл

 антенна
2382 apartment

[əˈpɑːtmənt]

эˈпа:тмэнт

 квартира; апартамент
10144 armchair

[ˈɑːmˌtʃeər]

ˈа:мˌчэар

 кресло; кабинетный
6885 balcony

[ˈbælkənɪ]

ˈбэлкэни

 балкон
4691 mp3″>barn

[bɑːn]

ба:н

 сарай; амбар
4697 basement

[ˈbeɪsmənt]

ˈбэйсмэнт

 подвал; цокольный этаж; фундамент; основание; подвальный этаж
3089 bath

[bɑːθ]

ба:сэ

 ванна; баня; купание; купать
3844 bathroom

[ˈbɑːθruːm]

ˈба:сэру:м

 ванная комната; ванная; туалет
802 mp3″>bed

[bed]

бэд

 постель; кровать
17095 bedclothes

[ˈbedkləʊðz]

ˈбэдклоузз

 постельное белье
2839 bedroom

[ˈbedruːm]

ˈбэдру:м

 спальня
7820 bedside

[ˈbedsaɪd]

ˈбэдсайд

 прикроватный
17224 mp3″>bedspread

[ˈbedspred]

ˈбэдспрэд

 постельное покрывало
4460 blanket

[ˈblæŋkɪt]

ˈблэнкит

 одеяло; покров; защитный слой
14136 bookcase

[ˈbʊkkeɪs]

ˈбуккэйс

 книжный шкаф
15239 bookshelf

[ˈbʊkʃelf]

ˈбукшэлф

 книжная полка
5936 mp3″>bucket

[ˈbʌkɪt]

ˈбакит

 ведро; бадья
2678 cabinet

[ˈkæbɪnət]

ˈкэбинэт

 кабинет
5033 carpet

[ˈkɑːpɪt]

ˈка:пит

 ковер; покрытие
3298 ceiling

[ˈsiːlɪŋ]

ˈси:лин

 потолок; перекрытие
1434 mp3″>chair

[tʃeər]

чэар

 стул; кресло; председатель; кафедра; председательствовать
7599 chimney

[ˈtʃɪmnɪ]

ˈчимни

 дымоход; камин; дымовая труба
5201 closet

[ˈklɒzɪt]

ˈклозит

 чулан; стенной шкаф; уборная
14340 cornice

[ˈkɔː. nɪs]

ˈко:нис

 карниз; свес
9410 cot

[kɒt]

кот

 детская кроватка; раскладушка
4384 cottage

[ˈkɒtɪdʒ]

ˈкотидж

 коттедж; изба
4831 couch

[kaʊtʃ]

кауч

 диван; кушетка; тахта; ложе
5335 mp3″>courtyard

[ˈkɔːtjɑːd]

ˈко:тйа:д

 двор; внутренний двор
1766 cup

[kʌp]

кап

 чашка; кубок; чаша; чашечка
9160 cupboard

[ˈkʌbəd]

ˈкабэд

 шкаф; буфет; чулан
4959 curtain

[ˈkɜːtən]

ˈкётэн

 занавес; завеса; занавеска
8341 mp3″>cushion

[ˈkʊʃən]

ˈкушэн

 подушка; смягчать
2180 desk

[desk]

дэск

 стол; письменный стол; рабочий стол; регистратура; настольный
13927 dishwasher

[ˈdɪʃˌwɒʃər]

ˈдишˌвошэр

 посудомоечная машина; посудомойка
486 door

[dɔːr]

до:р

 дверь; дверной; дверца
7075 mp3″>driveway

[ˈdraɪvweɪ]

ˈдрайввэй

 дорога; проезд
10504 dryer

[ˈdraɪər]

ˈдрайэр

 сушилка; фен
5413 elevator

[ˈelɪveɪtər]

ˈэливэйтэр

 лифт; элеватор; подъемник
13816 faucet

[ˈfɔːsɪt]

ˈфо:сит

 кран; вентиль; водопроводный кран
3936 mp3″>fence

[fens]

фэнс

 забор; ограда; ограждение; загородка; изгородь; фехтовать
6389 fireplace

[ˈfaɪəpleɪs]

ˈфайэплэйс

 камин; очаг
1661 flat

[flæt]

флэт

 квартира; плоский
879 floor

[flɔːr]

фло:р

 этаж; пол; земля
11792 mp3″>flooring

[ˈflɔːrɪŋ]

ˈфло:рин

 пол; настил
17549 footstool

[ˈfʊt.stuːl]

ˈфутсту:л

 скамеечка для ног
5092 fork

[fɔːk]

фо:к

 вилка; вилы; развилка; ответвление; камертон
9890 freezer

[ˈfriːzər]

ˈфри:зэр

 морозилка
11247 mp3″>fridge

[frɪdʒ]

фридж

 холодильник
2844 furniture

[ˈfɜːnɪtʃər]

ˈфёничэр

 мебель
5041 garage

[ˈɡærɑːʒ]

ˈгэра:ж

 гараж
1332 garden

[ˈɡɑːdən]

ˈга:дэн

 сад; огород; парк; садовый
2134 mp3″>gate

[ɡeɪt]

гэйт

 ворота; затвор; калитка; шлюз
16798 guesthouse

[ˈɡesthaʊs]

ˈгэстхаус

 дом для гостей; гостиница; пансион
961 hall

[hɔːl]

хо:л

 зала; зал; холл; коридор
194 home

[həʊm]

хоум

 дома; домой; дом; домашний; родной
201 mp3″>house

[haʊs]

хаус

 дом; жилище
13385 kennel

[ˈkenəl]

ˈкэнэл

 конура; псарня; собачья конура
8663 kettle

[ˈketl]

ˈкэтл

 чайник; котел; котелок
497 key

[kiː]

ки:

 ключ; ключевой; клавиша; кнопка; основной
1695 mp3″>kitchen

[ˈkɪtʃɪn]

ˈкичин

 кухня; кухонный
1695 kitchen

[ˈkɪtʃɪn]

ˈкичин

 кухня; кухонный
2990 knife

[naɪf]

найф

 нож; ножевой
3898 lamp

[læmp]

лэмп

 лампа; светильник; фонарь; ламповый
4988 mp3″>lawn

[lɔːn]

ло:н

 газон; лужайка
5689 linen

[ˈlɪnɪn]

ˈлинин

 белье; льняной; полотно; полотняный
9506 loft

[lɒft]

лофт

 чердак; лофт; верхний этаж
8204 mattress

[ˈmætrəs]

ˈмэтрэс

 матрац; тюфяк
2179 mp3″>mirror

[ˈmɪrər]

ˈмирэр

 зеркало; зеркальце; отражать
10023 napkin

[ˈnæpkɪn]

ˈнэпкин

 салфетка; подгузник
5603 nursery

[ˈnɜːsərɪ]

ˈнёсэри

 детская; ясли; детская комната; рассадник
4436 oven

[ˈʌvən]

ˈавэн

 духовка; печь; духовой шкаф
1843 mp3″>painting

[ˈpeɪntɪŋ]

ˈпэйнтин

 живопись; картина; покраска; роспись; окраска
5581 pillow

[ˈpɪləʊ]

ˈпилоу

 подушка
1517 plate

[pleɪt]

плэйт

 тарелка; плита; пластинка; лист
7385 quilt

[kwɪlt]

квилт

 стеганое одеяло; стегать; подбивать ватой; простегивать
2408 mp3″>roof

[ruːf]

ру:ф

 крыша; кровля
309 room

[ruːm]

ру:м

 комната; номер; помещение; место
7658 scissors

[ˈsɪzəz]

ˈсизэз

 ножницы
12304 shampoo

[ʃæmˈpuː]

шэмˈпу:

 шампунь
4033 mp3″>shelf

[ʃelf]

шэлф

 полка; шельф
4323 shower

[ʃaʊər]

шауэр

 душ; ливень; осыпать; принимать душ
3820 sink

[sɪŋk]

синк

 раковина; потопить; слив; сток; тонуть; погружаться; топить
5660 sofa

[ˈsəʊfə]

ˈсоуфэ

 диван; софа
6065 mp3″>spoon

[spuːn]

спу:н

 ложка
6528 staircase

[ˈsteəkeɪs]

ˈстэакэйс

 лестница; лестничная клетка
5992 stool

[stuːl]

сту:л

 стул; табурет; табуретка
5470 stove

[stəʊv]

стоув

 плита; печь; печка
206 mp3″>table

[ˈteɪbl]

ˈтэйбл

 стол; таблица
13665 tablecloth

[ˈteɪblklɒθ]

ˈтэйблклосэ

 скатерть
4570 tap

[tæp]

тэп

 кран; отвод; ответвление; метчик
5038 teaspoon

[ˈtiːspuːn]

ˈти:спу:н

 чайная ложка
5193 mp3″>toilet

[ˈtɔɪlɪt]

ˈтойлит

 туалет; ванная; туалетный
12957 toothpaste

[ˈtuːθpeɪst]

ˈту:сэпэйст

 зубная паста
5955 towel

[taʊəl]

тауэл

 полотенце
6005 trash

[træʃ]

трэш

 мусор; хлам; дрянь; халтура; отбросы
7672 mp3″>vase

[vɑːz]

ва:з

 ваза
10307 wallpaper

[ˈwɔːlˌpeɪpər]

ˈво:лˌпэйпэр

 обои
8735 wardrobe

[ˈwɔːdrəʊb]

ˈво:дроуб

 гардероб; платяной шкаф; гардеробная
804 window

[ˈwɪndəʊ]

ˈвиндоу

 окно; окошко; оконный
2872 mp3″>yard

[jɑːd]

йа:д

 двор; ярд; сад; парк

Помогите проекту, поделитесь в соц.сетях

Запоминайте слова «тема Дом»

Упражнение № 2

Слушате и запоминайте слова из раздела 100 популярных английских слов по теме Дом (House), для лучшего запоминания повторяте их в слух за диктором

  •  < 1 × 10 –18 ) (Дополнительный файл 8: Таблица S7). Это указывает на то, что большая часть предполагаемых регуляторных вариантов связана с энхансерами, которые приобретают или теряют активность между линиями мышей. Например, энхансер, содержащий предполагаемые регуляторные варианты в непосредственной близости от локуса, кодирующего 4.5S рРНК , некодирующую РНК, взаимодействующую с рибосомой, демонстрирует сильное усиление энхансерной активности в A/J по сравнению с C57BL/6J (рис. 5A). ). Кроме того, в локусе Zfp619, ген, кодирующий TF цинковых пальцев, как увеличение, так и потерю энхансерной активности можно наблюдать одновременно в двух отдельных энхансерах, связанных с несколькими предполагаемыми регуляторными вариантами. Взятые вместе, нарушение связывания TF вариантами в тысячах областей энхансера, вероятно, изменяет активность энхансера и, таким образом, экспрессию генов среднего мозга у генетически различных линий мышей.

    Специфичность к типу клеток

    цис--действующих вариантов в среднем мозге

    Идентификация предполагаемых цис -действующие регуляторные варианты, вносящие вклад в фенотип экспрессии генов среднего мозга между C57BL/6J и A/J, затем мы попытались понять, насколько эти варианты избирательны по типу клеток. Перекрытие предполагаемых регуляторных вариантов с данными о доступности для конкретных типов клеток показало, что большинство сайтов связывания вариантов (57,9%) были доступны и потенциально могли влиять на экспрессию генов по крайней мере в 6 из 10 типов клеток (рис. 5C). . Однако чуть менее 14% вариантов были доступны только в 1 или 2 типах клеток, что указывает на то, что некодирующие вариации могут оказывать селективное влияние на экспрессию генов в зависимости от типа клеток (рис. 5C). Действительно, варианты с доступностью, селективной по типу клеток, только в 1-3 типах клеток значительно чаще встречались в генах с измененной экспрессией, чем в других экспрессируемых генах (данные не показаны).

    Ряд регуляторных вариантов был доступен специфически в нейронах и связан с дифференциально экспрессируемыми генами, представляя регуляторную вариацию генов, специфичных для нейронов. К ним относятся, например, Tekt5 , ген, экспрессируемый в возбуждающих нейронах и активируемый в C57BL/6J (рис. 5D). Несмотря на наблюдаемую дифференциальную экспрессию, промотор Tekt5 оказался недоступным в большинстве типов клеток, за исключением нейронов C57BL/6J, именно при перекрытии TSS с предполагаемым регуляторным вариантом в пределах сайта связывания TF.

    В совокупности, хотя большинство цис -действующих вариантов воздействуют на широкий спектр типов клеток, большая их часть может иметь эффекты, специфичные для типа клеток, которые невозможно выявить без анализа отдельных клеток.

    TCF7L2 как медиатор

    транс--действующих вариаций в нейронах среднего мозга След ТФ расположен в активном энхансере (рис. 5А). Тем не менее, большая часть дифференциальной экспрессии генов оставалась необъясненной. Это может быть из-за цис--действующие варианты, которые мы пропустили, но также из-за транс--действующих вариантов, которые могут влиять на ряд генов-мишеней, изменяя активность ТФ, а не мотив его связывания. Изменение активности TF может быть связано с изменением уровня его экспрессии, но также может быть связано с чередованием других механизмов, контролирующих активность TF, таких как посттрансляционные модификации, белок-белковые взаимодействия или локализация TF.

    Генетические различия в недофаминергических нейронах (например, Gad2 + нейронов), которые составляют большую часть нашей популяции нейронов (дополнительный файл 2: таблица S1), предположительно вносят вклад в специфические поведенческие различия, включая тревожность, вознаграждение и мотивационные черты, такие как потребление этанола. 42,43,44,45]. Чтобы идентифицировать медиаторы транс--действующих вариаций между C57BL/6J и A/J в нейронах, мы провели анализ обогащения мотивов на 715 участках нейронов, демонстрирующих разную доступность хроматина у мышей (рис. 4A). Это показало, что мотив связывания семейства TCF/LEF, расположенных ниже TF канонического сигнального пути Wnt [46], входит в число наиболее обогащенных последовательностей, обнаруженных в дифференциально доступных областях (рис. 6A; 9).2116 p  = 1,66e−14). Обогащение было специфичным для Gad2 + нейронов и не могло быть обнаружено ни в каких других типах клеток (дополнительный файл 1: рисунок S3) или в анализе обогащения мотивов для генов клеточной идентичности (рис. 3). LEF1, TCF7L1 и TCF7L2 связываются с одной и той же последовательностью ДНК, но часто имеют противоположные или специфичные для типа клеток функции [47]. Проверка доступности хроматина в разных типах клеток для дифференциальных сайтов связывания, несущих мотив TCF/LEF, выявила повышенный сигнал именно в нейронах (рис. 6B). Чтобы определить, какой фактор экспрессируется в нейронах среднего мозга и может опосредовать наблюдаемое обогащение и измененную доступность, мы визуализировали их экспрессию с использованием данных scRNA-seq. 9Экспрессия 2116 Lef1 была ограничена эндотелиальными клетками (рис. 6C), а Tcf7l1 показала только низкую экспрессию или отсутствие экспрессии во всех типах клеток (рис. 6D). Однако Tcf7l2 имел высокую экспрессию в нейронах и полидендроцитах Gad2 + и Slc17a6 + , демонстрируя явное перекрытие с клетками, обогащенными соответствующим мотивом связывания (рис. 6E). Соответственно, анализ предполагаемых вышестоящих регуляторов, объясняющих транскриптомные изменения из секвенирования РНК мышей с использованием анализа пути изобретательности (IPA), предсказал, что TCF7L2 (также известный как TCF4) и CTNNB1 (бета-катенин, партнер по связыванию TCF7L2) будут среди ведущие регуляторы на основе прогнозируемой оценки активации (Дополнительный файл 9: Таблица S8). Таким образом, транскрипционная активность TCF7L2, вероятно, изменяется между мышами C57BL/6J и A/J в нейронах среднего мозга.

    Рис. 6

    Семейство TCF/LEF как медиатор транс -действующих вариаций в нейронах. A Анализ обогащения мотивов для областей дифференциальной доступности между C57BL/6J и A/J в нейронах. B , C Области дифференциальной доступности с мотивом семейства TCF/LEF обнаруживают повышенную доступность в нейронах по сравнению с другими типами клеток. D – E Lef1 высоко экспрессируется в эндотелиальном стебле , Tcf7l1 демонстрирует низкую экспрессию во всех типах клеток, в то время как Tcf7l2 в изобилии присутствует в нейронах и полидендроцитах. См. также Дополнительный файл 1: Рисунок S3

    Полноразмерное изображение

    В совокупности анализ snATAC-seq тканей из генетически различных штаммов может помочь в выяснении специфического для клеточного типа влияния транс--действующих вариантов и позволяет предположить нейрон- специфические различия в каноническом сигнальном пути Wnt между двумя обычно используемыми линиями инбредных мышей.

    Обсуждение

    Здесь мы исследовали доступность хроматина типов клеток вентрального среднего мозга мыши в двух различных генетических фонах и предоставили большой ресурс из 20 658 профилей одноядерного хроматина на 10 различных типах клеток. Этот набор данных принесет пользу будущим исследованиям роли этих типов клеток в различных процессах, связанных с вентральной частью среднего мозга, таких как управление движением, познание и механизмы вознаграждения. Лучшее понимание типов клеток среднего мозга также может помочь в исследованиях таких заболеваний, как болезнь Паркинсона и шизофрения. В частности, лучшее понимание генетической изменчивости в регуляции генов и того, как она влияет на определенные типы клеток, проложит путь к более точному прогнозированию генетической предрасположенности и механизмов пораженных заболеваний.

    Наши данные о профилях доступности генов и составе клеток среднего мозга согласуются с существующими знаниями по транскриптомике одиночных клеток [8]. Однако подтипы нейронов труднее различить на уровне хроматина, чем это было достигнуто с помощью транскриптомного анализа. Подтипы нейронов сгруппированы в основном вместе, часто с неопределенными границами между подтипами (рис. 1А). Этот результат ожидаем. Хотя общеизвестно, что доступность хроматина показывает положительную корреляцию с экспрессией генов [48, 49], и это также верно для наших данных (дополнительный файл 1: рисунок S2), доступность энхансера не обязательно отражает активность регуляции генов [50]. Действительно, профили доступности хроматина типов клеток, выполняющих сходные функции, могут быть очень сходными, несмотря на то, что демонстрируют разные паттерны экспрессии и контролируются разными мастер-TF [16, 51]. Более того, доступность может означать праймирование локуса для экспрессии без начала транскрипции [52, 53].

    Тем не менее, мы смогли надежно различить 10 из 20 известных типов клеток среднего мозга на уровне хроматина, при этом восемь типов клеток содержали достаточное количество клеток для детального анализа (рис. 3). Используя информацию о регуляторных областях генов, избирательно связанных с генами, лежащими в основе клеточной идентичности, мы смогли предсказать ключевые регуляторы каждого типа клеток с помощью анализа обогащения мотивов. К ним относятся многие факторы, которые ранее считались необходимыми для дифференцировки или поддержания соответствующего клеточного состояния [31, 32, 33, 35, 54]. Помимо прочего, результаты показывают специфичную для типа клеток роль сайтов связывания CTCF в клеточной идентичности и предсказывают специфическую роль TF семейства MEF2, KLF и ZBTB7 в дофаминергических нейронах. Более того, результаты дают дополнительную поддержку для более детального анализа семейства TFs RFX в регуляции баланса нейро- и глиогенеза в среднем мозге, что согласуется с ранее идентифицированным совместным присутствием факторов RFX в SOX2-связанных энхансерах в развитии нервной системы. 55].

    Известно, что генетическая изменчивость вызывает изменения экспрессии генов, которые могут вызывать фенотипические различия [56,57,58,59]. Недавно мы показали, что более тысячи генов по-разному экспрессируются в среднем мозге мышей из-за генетической изменчивости между C57BL/6J и A/J [20]. Здесь мы использовали наши профили доступности хроматина отдельных клеток для исследования механизмов, специфичности клеточного типа и степени, в которой это изменение отражается на уровне хроматина. Интересно, что транскриптомные различия не показали линейной зависимости от доступности хроматина среднего мозга (рис. 4А). Степень изменения доступности несопоставима с изменением уровня мРНК ни на уровне объемных агрегатов, ни в отдельных типах клеток. Скорее всего, это отражает наблюдение, что связывание и активность TF могут изменять экспрессию генов без изменения доступности, например, если локус уже открыт [60]. Тем не менее, когда изменения доступности действительно происходили, это часто было связано с изменением экспрессии локального гена. Важно отметить, что некоторые изменения доступности хроматина, связанные с дифференциальной экспрессией генов, вообще не могли быть обнаружены при анализе ATAC-seq или ChIP-seq на уровне ткани, несмотря на большую глубину секвенирования (рис. 4B). Таким образом, улучшенное разрешение, обеспечиваемое анализом отдельных клеток, позволяет лучше понять регуляторные взаимодействия, которые могут быть упущены при анализе на уровне ткани.

    Cis -действующие варианты, которые влияют на экспрессию генов, были предложены для объяснения значительной части отсутствующей наследуемости [61,62,63]. В настоящее время экспериментально подтверждено растущее число таких вариантов, связанных с человеческими чертами и заболеваниями [17]. Объединив генетическую информацию с анализом ATAC-seq и ChIP-seq, мы обнаружили, что 3909 из > 6 миллионов вариантов, разделяющих C57BL/6J и A/J, локализуются в сайте связывания TF в активном и доступном энхансере в вентральной части среднего мозга (рис. 5). Это число согласуется с предыдущими оценками, согласно которым один вариант из тысячи мышей вызывает цис — регуляторные эффекты [64]. Важно отметить, что мы обнаружили, что предполагаемые цис--действующие варианты обогащены дифференциально экспрессируемыми генами, что указывает на то, что они действительно вносят вклад в фенотип экспрессии генов.

    Большая часть предполагаемых цис -действующих вариантов показала избирательную доступность по типу клеток (рис. 5B). Этот вывод согласуется с предыдущей работой по влиянию цис -действующих вариантов на связанные с заболеванием регуляторные изменения в основных клеточных популяциях головного мозга [65]. Объединение информации о влиянии вариантов на регуляцию генов, специфичных для типа клеток, с полногеномными исследованиями ассоциаций и количественным картированием локусов определенных признаков или заболеваний может дать представление о том, как варианты трансформируются в фенотипы. C57BL/6J и A/J отличаются друг от друга многочисленными фенотипами [66]. К ним относятся поведение, обусловленное страхом и вознаграждением, такое как потребление этанола, которое связано с передачей сигналов дофамина в среднем мозге [43,44,45]. Объединяя наши данные о селективности клеток цис -действующие варианты с полногеномными исследованиями ассоциаций таких фенотипов могут выявить новые связи между генами и лежащими в их основе механизмами.

    Помимо цис--действующей вариации, дифференциальная экспрессия генов и измененная доступность хроматина также могут быть опосредованы посредством транс--действующей вариации. Транс--действующие варианты могут иметь множество различных механизмов действия, и было высказано предположение, что большая часть генетически обусловленных вариаций экспрессии генов связана с транс -действующая вариация, часто затрагивающая сотни или тысячи генов клеточно-специфическим образом [62, 67, 68]. Дофаминергические нейроны в вентральной области покрышки среднего мозга вносят вклад в фенотипы, такие как поведение вознаграждения и страх [42]. Более того, ассоциированные ГАМКергические и глутаматергические нейроны в среднем мозге также могут контролировать такое поведение либо вместе с передачей сигналов дофамина, либо независимо от нее. Имея это в виду, мы спросили, можно ли обнаружить специфические признаки транс--действующих регуляторных вариаций в нейронах между нашими штаммами, которые демонстрируют дифференциальное поведение, на основе анализа обогащения мотивов в областях дифференциальной доступности (рис.  6). Мы обнаружили обогащение мотива связывания TCF/LEF, соответствующего элементу ответа на сигнализацию Wnt, распознаваемому их ДНК-связывающим доменом группы высокой подвижности (HMG) [46]. Это предполагает, что передача сигналов Wnt изменяется между C57BL/6J и A/J в нейронах. На основании данных scRNA-seq, TCF7L2, но не LEF1 или TCF7L1, обильно экспрессируется в среднем мозге Gad2 + и Slc17a6 + нейронов, что указывает на то, что изменения доступности хроматина и экспрессии генов связаны с изменениями в передаче сигналов Wnt и, вероятно, опосредованы TCF7L2 (рис. 6). Действительно, анализ путей дифференциально экспрессируемых генов выявил обогащение известных генов-мишеней Wnt среди DEG (дополнительный файл 9: таблица S8).

    Участие TCF7L2 в качестве предполагаемого эффектора измененной передачи сигналов в нейронах особенно интригует, поскольку 9Локус 2116 TCF7L2 был генетически связан с психическими расстройствами, такими как шизофрения и биполярное расстройство у людей [69, 70]. Более того, у трансгенных мышей выявлена ​​дозозависимая роль Tcf7l2 в формировании страха и тревоги, признаков, по которым A/J, как известно, значительно отличается от C57BL/6J [43, 44]. Интересно, что влияние дозы Tcf7l2 на ряд фенотипов, включая поведенческие фенотипы, как известно, зависит от генетического фона мыши [71]. В то время как некоторые фенотипы, вызванные снижением 9Экспрессия 2116 Tcf7l2 может наблюдаться на фоне A/J, но не на фоне C57BL/6J, противоположное верно для некоторых других фенотипов. Основываясь на наших данных, одним из возможных объяснений этого может быть роль Tcf7l2 в качестве посредника транс -действующей вариации и, таким образом, дифференциальная базовая активность пути Wnt между линиями мышей. Понимание того, как активность передачи сигналов Wnt изменяется между линиями мышей, требует дальнейшего анализа. Однако интересно отметить, что выражение Wnt2b , восходящий лиганд пути Wnt, также генетически связанный с биполярным расстройством [69], значительно снижен в вентральной части среднего мозга A/J по сравнению с C57BL/6J [20].

    Выводы

    Взятые вместе, наш анализ одноядерного хроматина обеспечивает новое понимание транскрипционного контроля вентральных типов клеток среднего мозга и богатый ресурс для дальнейшего анализа клеточной идентичности и генных регуляторных вариаций в этой области мозга, связанной с заболеванием.

    Методы

    Животные

    Все экспериментальные процедуры в этом исследовании проводились в соответствии с Директивой Совета Европейского сообщества 2010/63/ЕС в соответствии с требованиями 3 Rs в отношении благополучия животных. В этом исследовании мы использовали две линии мышей, C57BL/6J и A/J, приобретенные, соответственно, у Charles River and Jackson Laboratory. Когорты исследования были выведены в Центре животных Люксембургского университета (Эш-сюр-Альзетт, Люксембург), и протокол был одобрен Комитетом по этике экспериментов на животных (AEEC) в соответствии с национальными рекомендациями закона о защите животных в Люксембург ( 9Великокняжеский Постановление № 2116 № от 11 января 2013 г. ). Все мыши содержались при 12-часовом режиме свет-темнота и имели свободный доступ к пище и воде.

    Для каждой мыши после анестезии смесью кетамина и медетомидина (150 и 1 мг/кг соответственно) выполняли внутрисердечную перфузию с помощью PBS. Мозг извлекали, и оба среднего мозга каждой мыши препарировали, немедленно замораживали, хранили при температуре — 80 °C и использовали для разделения отдельных клеток, как описано ниже.

    Выделение ядер

    Для нерасфасованного ATAC-seq замороженный средний мозг измельчали ​​в измельчителе тканей Dounce (Sigma, D8939-1SET) с пестиком A ~ 10 раз после пестика B ~ 20 раз в лизирующем буфере [5 мМ CaCl 2 (Merck, A546282 ), 3 мМ Mg(Ac) 2 (Roth, P026.1), 10 мМ Трис, pH 7,8, 0,17 мМ β-меркаптоэтанол (Gibco, 21985-023), 160 мМ сахарозы (Sigma, S0389), 0,05 мМ ЭДТА , 0,05% NP40 (Sigma, I3021)]. Лизат наслаивали на 3 мл сахарозной подушки [1,8 М сахарозы, 3 мМ Mg(Ac)2, 10 мМ Трис, pH 8,0, 0,167 мМ β-меркаптоэтанола] после ультрацентрифугирования 30 000 г в течение 1 ч (ротор: Beckman Coulter, MLS-50) при 4 °C. После центрифугирования супернатант удаляли, а осадок ядер суспендировали в буфере для ресуспендирования (с 0,1% Tween-20, 0,01% дигитонина и 0,1% NP40).

    Для snATAC-seq выделение ядер проводили в соответствии с протоколом 10× Genomics CG000212 (Rev A) с небольшими изменениями. Для обоих штаммов срезы среднего мозга из двух полушарий одной и той же мыши обрабатывали отдельно и объединяли на уровне анализа. Вкратце, замороженные срезы среднего мозга измельчали ​​в измельчителе тканей Dounce (Sigma, D89).39-1SET) с пестиком A ~ 10 раз после пестика B ~ 20 раз в 500 мкл охлажденного буфера для лизиса [10 мМ Трис-HCl (pH 7,4), 10 мМ NaCl, 3 мМ MgCl 2 , 0,1% Tween-20 , 0,1% NP40, 0,01% дигитонин, 1% БСА]. Гомогенизированный лизат инкубировали на льду в течение 5 мин, после чего перемешивали пипеткой 10 раз и снова инкубировали на льду в течение 10 мин. К лизированным клеткам добавляли охлажденный промывочный буфер (500 мкл) [10 мМ Tris-HCl (pH 7,4), 10 мМ NaCl, 3 мМ MgCl 2 , 1% BSA, 0,1% Tween-20] и пипетировали смесь 5 раз. . Лизат наслаивали на 3 мл сахарозной подушки [1,8 М сахарозы, 3 мМ Mg(Ac)2, 10 мМ Трис, pH 8,0, 0,167 мМ β-меркаптоэтанола] после ультрацентрифугирования 30 000×9.2116 г в течение 1 ч (ротор: Beckman Coulter, MLS-50) при 4 °C. После центрифугирования надосадочную жидкость удаляли, а осадок ядер суспендировали в буфере ядер (10× PN: 2000153), входящем в комплект 10× Genomics Chromium Single Cell ATAC Reagent Kit. Суспензию ядер пропускали через 40-мкм клеточный фильтр Flowmi (Sigma, BAh236800040-50EA).

    Bulk ATAC-seq

    Маркировку образца среднего мозга мыши C57BL/6J проводили на основании дополнительного протокола 1 OMNI-ATAC [72] с небольшими изменениями. Вкратце, 25 000 ядер ресуспендировали в 50 мкл буфера для ресуспендирования (с 0,1% Tween-20, 0,01% дигитонина и 0,1% NP40) и лизировали в течение 3 минут на льду. После промывки в 1 мл буфера для ресуспендирования (1% Tween-20) образцы центрифугировали в течение 10 мин при 500× г при 4 °C и осторожно удаляли надосадочную жидкость. Осадки ресуспендировали в 25 мкл смеси для мечения (буфер для ДНК-метки от Illumina, № 15027866), содержащей 2,5 мкл фермента ДНК-метки (Illumina № 15027865), и инкубировали в течение 45 минут при 37 °C и 1000 об/мин в Eppendorf ThermoMixer. Меченый хроматин выделяли с использованием набора Zymo Research DNA Clean & Concentrator (ZymoResearch ZY-D4013) и элюировали в 21 мкл элюирующего буфера. Предварительную амплификацию библиотеки проводили в течение 5 циклов с использованием праймеров Ad1 и Ad2.16 [10]. Было проведено пять дополнительных циклов амплификации библиотеки, как определено с помощью количественной ПЦР [72]. Очистку библиотеки проводили с использованием набора Zymo Research DNA Clean & Concentrator с последующим выбором размера гранул AMPure XP (Beckman Coulter #A63880). Первая инкубация шариков с использованием 0,55-кратного объема шариков удаляет большие фрагменты. После разделения шариков на магнитной подставке супернатант переносили в свежую пробирку и инкубировали в течение 5 мин в 1,5-кратном объеме шариков. После промывания 80% этанолом шарики ресуспендировали в 20 мкл элюирующего буфера. После разделения на магнитном штативе элюат переносили в свежую пробирку. Качество библиотеки оценивали с помощью высокочувствительного биоанализатора Agilent DNA (Agilent № 5067-4626).

    Массовый анализ данных ATAC-seq

    Секвенирование библиотек ATAC-seq было выполнено на платформе секвенирования в Люксембургском центре системной биомедицины (LCSB) Люксембургского университета. Секвенирование парных концов нецепочечной библиотеки проводили с использованием набора Illumina NextSeq 500/550 75 циклов High Output Kit. Необработанные файлы FASTQ и файлы BAM обрабатывали, как описано в разделе «Методы» для ChIP-seq. После обработки файлов BAM пики были вызваны Генрихом (https://github.com/jsh58/Genrich) с параметрами «-r -m 30 -j» для удаления дубликатов ПЦР и включения только чтений с качеством отображения на уровне не менее 30. Футпринты вызывались HINT-ATAC [73] с параметрами по умолчанию. Необработанные файлы FASTQ были депонированы в ArrayExpress под регистрационным номером E-MTAB-8333.

    Подготовка библиотеки одноядерных ATAC-seq и секвенирование

    Одноядерный ATAC-seq выполняли в соответствии с Руководством пользователя наборов реагентов Chrominum Single Cell ATAC Reagent Kit (CG000168 RevB) с использованием набора Chromium Single Cell E Chip Kit (10×, 100086). , Chromium Single Cell ATAC Library & Gel Bead Kit (10×, 1000111), Chromium Single Cell ATAC Library Kit (10×, 1000085), Chromium Single Cell ATAC Library Kit (10× 100087), Chromium i7 Multiplex Kit N Set ( 1000084), Dynabeads MyOne Silane (2000048). Вкратце, суспензию ядер загружали с целевой скоростью извлечения 10 000 ядер на образец. Качество библиотек snATAC-seq оценивали с использованием чипа высокочувствительного биоанализатора ДНК Agilent (Agilent № 5067-4626) и далее секвенировали на наборе High Output Kit на 150 циклов с использованием Illumina NextSeq™ 500 с заданной глубиной секвенирования 25 000 пар прочтений на ядро. Необработанные файлы FASTQ были депонированы в ArrayExpress под номером доступа E-MTAB-9. 225.

    Конвейер анализа ATAC-seq для отдельных ядер

    Cell Ranger

    Выравнивание и фильтрацию проводили в соответствии с 10-кратными конвейерами. Вкратце, файлы fastq были сгенерированы из файлов базовых вызовов секвенсора Illumina, которые позже использовались в качестве входных данных для выравнивания (MAPQ > 30), фильтрации мультиплетов штрих-кода и создания счетчиков доступности для каждой ячейки в одной библиотеке. Технические повторы для каждой линии мышей были объединены для создания единой матрицы пикового штрих-кода. Каждый уникальный фрагмент связан со штрих-кодом одной ячейки.

    Кластеризация

    Нисходящий анализ snATAC-seq был выполнен компанией Signac (версия: 0.2.4) в R. Матрица генной активности была рассчитана с считываниями в теле гена и 2 т.п.н. выше TSS в качестве показателя экспрессии гена. Ядра с числом менее 5000 отфильтровывали. Размерность рассчитывалась с помощью латентного семантического индекса (LSI) на пиках с не менее чем 100 считываниями во всех ячейках, которые использовались в качестве входных данных для создания графиков UMAP.

    Аннотация кластера

    При аннотации кластеров snATAC-seq использовались существующие данные scRNA-seq по среднему мозгу взрослых трехмесячных мышей C57BL/6N. Якоря были обнаружены между матрицей генной активности snATAC-seq и 5000 лучших вариабельных признаков scRNA-seq. Клеточные метки были перенесены из scRNA-seq в snATAC-seq с нормализацией по весам якорей, рассчитанным на основе уменьшения размеров LSI, в результате чего было аннотировано 10 347 ядер C57BL/6J и 10 368 ядер A/J.

    Конвейер анализа данных scRNA-seq

    Обработка данных

    Цифровая экспрессия генов (DGE) и аннотация клеток для среднего мозга 3-месячных мышей C57BL/6N были загружены с DropViz. Анализ данных был выполнен Seurat (версия: 3.1.4) в R. В последующем анализе использовались только ячейки с числом признаков от 400 до 7000, которые были одиночными или тщательно отобранными, в результате чего было получено 19 967 ячеек. DGE был преобразован в натуральный логарифм и нормализован по количеству митохондриальных прочтений. Уменьшение размеров было выполнено с помощью UMAP. Кластеры были аннотированы существующей аннотацией от DropViz.

    Отбор генов идентичности типа клеток

    Из каждого клеточного кластера случайным образом отобрали 100 клеток. DGE из каждого типа клеток конструировали по соответствующим штрих-кодам. Для выбранных клеток рассчитывали 85-й процентиль экспрессии для каждого гена. Критерии генов идентичности клеточного типа были определены следующим образом: для конкретного гена 60% клеток клеточного типа имеют экспрессию, превышающую специфичный для гена 85-й процентиль; в то время как не более 40% клеток всех других типов клеток имеют экспрессию выше 85-го процентиля. Этот процесс повторялся 100 раз. Гены, которые появлялись более 30 раз из 100, были определены как гены идентичности клеточного типа.

    Определение дифференциальных пиков

    Дифференциальные пики определялись для каждого типа клеток с использованием критерия суммы рангов Уилкоксона (реализовано в пакете R «presto» 1. 0.0). Матрица подсчета двоичных пиков из scATAC-seq была нормализована по количеству пиков, представленных в каждой ячейке. Затем был проведен дифференциальный анализ пиков с presto на нормализованной матрице подсчета пиков. Пики с FDR < 0,05 и логарифмической кратностью изменения (logFC) в верхнем 1% определяются как дифференциальные пики.

    Анализ обогащения мотивов

    Создание файлов bam для конкретных типов ячеек

    Файлы bam для конкретных типов ячеек были созданы программой samtools. Штрих-коды из каждой реплики штамма в bamfile были перемаркированы, чтобы избежать коллапса штрих-кода. После перемаркировки бам-файлы из повторов образца были объединены. Бам-файлы для каждого типа клеток вычитались на основе соответствующих штрих-кодов.

    Пиковый вызов

    Пиковый вызов был выполнен MACS2 (2.1.2) [74] с настраиваемой отсечкой по p значений в соответствии с анализом отсечки с параметрами «macs2 callpeak -cutoff-analysis». Идеальная отсечка была выбрана на основании выбранных p значение не приведет к экспоненциальному увеличению числа пиков.

    Анализ обогащения мо

    Иммунопреципитация хроматина (ChIP)

    ChIP была проведена на рассеченной мгновенно замороженной ткани вентральной части среднего мозга двух независимых мышей каждой линии, как описано ранее [20]. В каждой реакции было 10–14 мкг хроматина, и в качестве входной ДНК использовалась 10% аликвота. Иммунопреципитацию проводили в течение ночи с 5 мкл антитела h4K27ac (Abcam, ab4729), при 4 °C с вращением.

    Анализ данных ChIP-seq

    Секвенирование образцов хроматина было выполнено на платформе секвенирования в LCSB Университета Люксембурга. Одностороннее нецепочечное секвенирование с длиной считывания 75 п.н. было выполнено на машине Illumina NextSeq 500. FastQC (v0.11.5) использовался для оценки качества необработанных прочтений [76]. Генерация файлов BAM, включая этапы удаления адаптера, сопоставления и маркировки дубликатов, выполнялась с помощью конвейера PALEOMIX (v1.2.12) [77], после чего выполнялось сопоставление с помощью BWA (v. 0.7.16a) [78]. Алгоритм Backtrack применил смещение качества оценки Phred до 33. Дубликаты чтения были отмечены, и эталонный геном мыши, GRCm38.p5 (mm10, патч 5), был загружен из GENCODE (https://www.gencodegenes.org/). Наконец, проверка файлов Bam была выполнена с помощью Picard (v2.10.9).) [79]. Необработанные файлы FASTQ были депонированы в ArrayExpress под номером доступа E-MTAB-8333.

    Пики h4K27ac ChIP-seq, энхансеры и суперэнхансеры были вызваны HOMER [75] с параметрами по умолчанию. Нормализация сигнала при попарном сравнении выполнялась с помощью THOR (v0.10.2) [41] с нормализацией TMM и скорректированным значением отсечки p 0,01.

    Доступность данных и материалов

    Необработанные файлы FASTQ были депонированы в ArrayExpress под номером доступа E-MTAB-8333 для анализа объемных уровней и E-MTAB-9225 для данных одной ячейки. Треки snATAC-seq доступны в браузере генома UCSC (http://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hubUrl=https://biostat2.uni.lu/ygui/hub. txt&genome=mm10). ). Доступ к скриптам для анализа данных можно получить здесь: https://github.com/sysbiolux/Gui-et-al.

    Ссылки

    1. Vogt Weisenhorn DM, Giesert F, Wurst W. Разнообразие имеет значение — гетерогенность дофаминергических нейронов в вентральном мезэнцефалоне и его связь с болезнью Паркинсона. Дж. Нейрохим. 2016;139(Приложение 1): 8–26.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    2. Кляйн С., Вестенбергер А. Генетика болезни Паркинсона. Колд Спринг Харб Перспект Мед. 2012;2(1):a008888.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    3. Li Z, Chen J, Yu H, He L, Xu Y, Zhang D и др. Полногеномный ассоциативный анализ выявил 30 новых локусов предрасположенности к шизофрении. Нат Жене. 2017;49(11): 1576–83.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    4. Наллс М.А., Блаувендраат С., Валлерга С.Л., Хейлброн К., Бандрес-Сига С., Чанг Д. и др. Выявление новых локусов риска, понимание причин и наследуемый риск болезни Паркинсона: метаанализ ассоциативных исследований по всему геному. Ланцет Нейрол. 2019;18(12):1091–102.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    5. Уильямс Х.Дж., Оуэн М.Дж., О’Донован М.С. Новые результаты исследований генетической ассоциации шизофрении. Джей Хам Жене. 2009;54(1):9–14.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    6. Gantz SC, Ford CP, Morikawa H, Williams JT. Развивающееся понимание дофаминовых нейронов в черной субстанции и вентральной области покрышки. Annu Rev Physiol. 2018;80(1):219–41.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    7. «>

      Короткова ТМ, Пономаренко АА, Браун РЭ, Хаас ХЛ. Функциональное разнообразие дофаминовых и ГАМКергических нейронов вентрального среднего мозга. Мол Нейробиол. 2004;29(3):243–59.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    8. Сондерс А., Макоско Э.З., Высокер А., Голдман М., Кринен Ф.М., де Ривера Х. и др. Молекулярное разнообразие и специализации клеток мозга взрослых мышей. Клетка. 2018;174(4):1015-1030.e16.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    9. Atlasi Y, Stunnenberg HG. Взаимодействие эпигенетических меток во время дифференцировки и развития стволовых клеток. Нат Рев Жене. 2017;18(11):643–58.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    10. Buenrostro J, Wu B, Chang H, Greenleaf W. ATAC-seq: метод анализа доступности хроматина для всего генома. Curr Protoc Mol Biol Ed Frederick M Ausubel Al. 2015;109:21.29.1-21.29.9.

      Google ученый

    11. Кусанович Д.А., Хилл А.Дж., Агамирзае Д., Даза Р.М., Плинер Х.А., Берлетч Д.Б., и др. Одноклеточный атлас доступности хроматина млекопитающих in vivo. Клетка. 2018;174(5):1309-1324.e18.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    12. Lake BB, Chen S, Sos BC, Fan J, Kaeser GE, Yung YC и др. Интегративный одноклеточный анализ транскрипционных и эпигенетических состояний во взрослом мозге человека. Нац биотехнолог. 2018;36(1):70–80.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    13. Preissl S, Fang R, Huang H, Zhao Y, Raviram R, Gorkin DU, et al. Одноядерный анализ доступного хроматина в развивающемся переднем мозге мышей выявляет специфичную для типа клеток регуляцию транскрипции. Нат Нейроски. 2018;21(3):432–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    14. Sinnamon JR, Torkenczy KA, Linhoff MW, Vitak SA, Mulqueen RM, Pliner HA, et al. Доступный хроматиновый ландшафт мышиного гиппокампа при разрешении одной клетки. Геном Res. 2019;29(5):857–69.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    15. Auton A, Abecasis GR, Altshuler DM, Durbin RM, Abecasis GR, Bentley DR, et al. Глобальный справочник по генетической изменчивости человека. Природа. 2015;526(7571):68–74.

      ПабМед Статья КАС Google ученый

    16. Maurano MT, Humbert R, Rynes E, Thurman RE, Haugen E, Wang H, et al. Систематическая локализация распространенных при заболеваниях вариаций в регуляторной ДНК. Наука. 2012;337(6099): 1190–5.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    17. Депланке Б., Альперн Д., Гарде В. Генетика вариаций связывания ДНК фактора транскрипции. Клетка. 2016;166(3):538–54.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    18. Мой С.С., Надлер Дж.Дж., Янг Н.Б., Перес А., Холлоуэй Л.П., Барбаро Р.П. и др. Поведенческие задачи мышей, имеющие отношение к аутизму: фенотипы 10 инбредных штаммов. Поведение мозга Res. 2007;176(1):4–20.

      ПабМед Статья Google ученый

    19. Thifault S, Lalonde R, Sanon N, Hamet P. Сравнения между мышами C57BL/6J и A/J по двигательной активности и координации, способности протыкать дырки и пространственному обучению. Мозг Рес Бык. 2002;58(2):213–8.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    20. «>

      Gui Y, Thomas MH, Garcia P, Karout M, Halder R, Michelucci A, et al. Ген 1, трансформирующий опухоль гипофиза, управляет регуляторными вариациями генов в вентральной части среднего мозга мышей во время старения. Фронт Жене. 2020 г. https://doi.org/10.3389/fgene.2020.566734.

      Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

    21. Рада-Иглесиас А., Баджпай Р., Свигут Т., Бругманн С.А., Флинн Р.А., Высоцкая Дж. Уникальная сигнатура хроматина раскрывает энхансеры раннего развития человека. Природа. 2011;470(7333):279–83.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    22. Siersbæk R, Madsen JGS, Javierre BM, Nielsen R, Bagge EK, Cairns J, et al. Динамическая перестройка петель хроматина, закрепленных на промоторе, во время дифференцировки адипоцитов. Мол Ячейка. 2017;66(3):420-435.e5.

      ПабМед Статья КАС Google ученый

    23. «>

      Батлер А., Хоффман П., Смиберт П., Папалекси Э., Сатия Р. Интеграция транскриптомных данных отдельных клеток в различных условиях, технологиях и видах. Нац биотехнолог. 2018. https://www.nature.com/articles/nbt.4096. По состоянию на 3 апреля 2018 г.

    24. Сатия Р., Фаррелл Дж. А., Геннерт Д., Шир А. Ф., Регев А. Пространственная реконструкция данных экспрессии генов одноклеточных. Нац биотехнолог. 2015;33(5):495–502.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    25. Bennett ML, Bennett FC, Liddelow SA, Ajami B, Zamanian JL, Fernhoff NB, et al. Новые инструменты для изучения микроглии в ЦНС мыши и человека. Proc Natl Acad Sci USA. 2016;113(12):E1738–46.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    26. Cahoy JD, Emery B, Kaushal A, Foo LC, Zamanian JL, Christopherson KS, et al. База данных транскриптомов астроцитов, нейронов и олигодендроцитов: новый ресурс для понимания развития и функционирования мозга. Дж. Нейроски. 2008;28(1):264–78.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    27. Lu QR, Sun T, Zhu Z, Ma N, Garcia M, Stiles CD, et al. Общая потребность развития в функции olig указывает на связь двигательных нейронов / олигодендроцитов. Клетка. 2002;109(1):75–86.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    28. Мэй Ф., Ван Х., Лю С., Ню Дж., Ван Л., Хе Ю. и др. Специфическая для стадии делеция Olig2 передает противоположные функции дифференцировки и созревания олигодендроцитов. Дж. Нейроски. 2013;33(19): 8454–62.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    29. McLean CY, Bristor D, Hiller M, Clarke SL, Schaar BT, Lowe CB, et al. GREAT улучшает функциональную интерпретацию цис-регуляторных регионов. Нац биотехнолог. 2010;28(5):495–501.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    30. Ginhoux F, Greter M, Leboeuf M, Nandi S, See P, Gokhan S, et al. Анализ картирования судеб показывает, что взрослая микроглия происходит от примитивных макрофагов. Наука. 2010;330(6005):841–5.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    31. Stolt CC, Lommes P, Sock E, Chaboissier MC, Schedl A, Wegner M. Фактор транскрипции Sox9 определяет выбор судьбы глии в развивающемся спинном мозге. Гены Дев. 2003;17(13):1677–89.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    32. Госселин Д., Скола Д., Куфаль Н.Г., Холтман И.Р., Шлахецки Дж. К.М., Сайти Э. и др. Зависимая от окружающей среды транскрипционная сеть определяет идентичность микроглии человека. Наука. 2017. https://science.sciencemag.org/content/early/2017/05/24/science.aal3222. По состоянию на 22 мая 2020 г.

    33. Кирдорф К., Эрни Д., Гольдманн Т., Сандер В., Шульц С., Пердигуэро Э.Г. и другие. Микроглия возникает из эритромиелоидных предшественников через Pu.1- и Irf8-зависимые пути. Нат Нейроски. 2013;16(3):273–80.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    34. Лю М., Чжан Л., Марсбум Г., Джамбусариа А., Сюн С., Тот П.Т. и др. Sox17 необходим для регенерации эндотелия после воспалительного повреждения сосудов. Нац коммун. 2019;10(1):2126.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

    35. Stolt CC, Rehberg S, Ader M, Lommes P, Riethmacher D, Schachner M, et al. Терминальная дифференцировка миелинобразующих олигодендроцитов зависит от транскрипционного фактора Sox10. Гены Дев. 2002;16(2):165–70.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    36. Денин Б., Хо Р., Лукашевич А., Хохстим С.Дж., Гроностайски Р.М., Андерсон Д.Дж. Фактор транскрипции NFIA контролирует начало глиогенеза в развивающемся спинном мозге. Нейрон. 2006;52(6):953–68.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    37. Wilczynska KM, Singh SK, Adams B, Bryan L, Rao RR, Valerie K, et al. Изоформы ядерного фактора I регулируют экспрессию генов во время дифференцировки нейронных предшественников человека в астроциты. Стволовые клетки. 2009 г.;27(5):1173–81.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    38. Маткович-Натан О. , Винтер Д.Р., Гилади А., Агилар С.В., Спинрад А., Саррацин С. и др. Развитие микроглии следует поэтапной программе регулирования гомеостаза мозга. Наука. 2016;353(6301). https://science.sciencemag.org/content/353/6301/aad8670. По состоянию на 22 мая 2020 г.

    39. Sugiaman-Trapman D, Vitezic M, Jouhilahti EM, Mathelier A, Lauter G, Misra S, et al. Характеристика семейства факторов транскрипции RFX человека с помощью анализа регуляторных и целевых генов. Геномика BMC. 2018;19(1):181.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

    40. Пирс С.Э., Тайсон Т., Бумс А., Прал Дж., Кутзи Г.А. Генетический риск болезни Паркинсона в линии нейронов среднего мозга. Нейробиол Дис. 2018;114:53–64.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    41. Allhoff M, Seré K, Pires JF, Zenke M, Costa IG. Дифференциальный пиковый вызов сигналов ChIP-seq с повторами с THOR. Нуклеиновые Кислоты Res. 2016;44(20):e153.

      ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

    42. Моралес М., Марголис Э.Б. Вентральная область покрышки: клеточная неоднородность, связность и поведение. Нат Рев Нейроски. 2017;18(2):73–85.

      КАС Статья пабмед Google ученый

    43. Ponder CA, Kliethermes CL, Drew MR, Muller J, Das K, Risbrough VB, et al. Отбор на контекстуальное обусловливание страха влияет на тревожное поведение и экспрессию генов. Гены Мозг Поведение. 2007;6(8):736–49..

      КАС пабмед Статья Google ученый

    44. Португалия Г.С., Уилкинсон Д.С., Кенни Дж.В., Салливан С., Гулд Т.Дж. Зависимые от напряжения эффекты острого, хронического никотина и отмены хронического никотина на обусловленность страха. Поведение Жене. 2012;42(1):133–50.

      ПабМед Статья Google ученый

    45. Йонеяма Н., Крэбб Дж. К., Форд М. М., Мурильо А., Финн Д. А. Добровольное потребление этанола у 22 инбредных линий мышей. Алкоголь. 2008;42(3):149–60.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    46. Nusse R, Clevers H. Передача сигналов Wnt/β-катенина, болезнь и новые терапевтические методы. Клетка. 2017;169(6):985–99.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    47. Мао CD, Byers SW. Зависимая от клеточного контекста экспрессия и функция TCF/LEF: альтернативные рассказы о потенциалах репрессии, дерепрессии и активации. Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 2011;21(3):207–36.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    48. «>

      Liu K, Pan C, Kuhn A, Nievergelt AP, Fantner GE, Milenkovic O, et al. Обнаружение топологических вариаций ДНК на уровне одной молекулы. Нац коммун. 2019;10(1):3.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    49. Wu TP, Wang T, Seetin MG, Lai Y, Zhu S, Lin K, et al. Метилирование ДНК N 6-аденина в эмбриональных стволовых клетках млекопитающих. Природа. 2016;532(7599): 329–33.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    50. Arnold CD, Gerlach D, Stelzer C, Boryń LM, Rath M, Stark A. Полногеномные количественные карты энхансерной активности, идентифицированные с помощью STARR-seq. Наука. 2013;339(6123):1074–1077.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    51. McKay DJ, Lieb JD. Общий набор регуляторных элементов ДНК формирует придатки дрозофилы. Ячейка Дев. 2013;27(3):306–18.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    52. Лара-Астиасо Д., Вайнер А., Лоренцо-Вивас Э., Зарецкий И., Джайтин Д.А., Дэвид Э. и др. Динамика состояния хроматина при кроветворении. Наука. 2014;345(6199):943–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    53. Палфи М., Шульце Г., Вален Э., Вастенхаув Н.Л. Доступность хроматина установлена ​​Pou5f3, Sox19b и Nanog запускает гены для активации во время активации генома рыбок данио. Генетика PLoS. 2020;16(1):e1008546.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

    54. McGary KL, Park TJ, Woods JO, Cha HJ, Wallingford JB, Marcotte EM. Систематическое открытие неочевидных моделей болезней человека с помощью ортологических фенотипов. Proc Natl Acad Sci. 2010;107(14):6544–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    55. Lodato MA, Ng CW, Wamstad JA, Cheng AW, Thai KK, Fraenkel E, et al. SOX2 совместно занимает дистальные энхансерные элементы с различными факторами POU в ESCs и NPC, чтобы специфицировать состояние клетки. ПЛОС Жене. 2013;9(2):e1003288.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    56. Фэй Дж. К., Маккалоу Х.Л., Снеговски П.Д., Эйзен М.Б. Популяционная генетическая изменчивость в экспрессии генов связана с фенотипической изменчивостью в Saccharomyces cerevisiae . Геном биол. 2004;5(4):R26.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    57. Keane TM, Goodstadt L, Danecek P, White MA, Wong K, Yalcin B, et al. Геномная изменчивость мыши и ее влияние на фенотипы и регуляцию генов. Природа. 2011;477(7364):289–94.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    58. Massouras A, Waszak SM, Albarca-Aguilera M, Hens K, Holcombe W, Ayroles JF, et al. Геномная изменчивость и ее влияние на экспрессию генов у Drosophila melanogaster. ПЛОС Жене. 2012;8(11):e1003055.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    59. Стори Дж.Д., Мэдой Дж., Страут Дж.Л., Вурфель М., Рональд Дж., Эйки Дж.М. Изменчивость экспрессии генов внутри и между человеческими популяциями. Am J Hum Genet. 2007; 80 (3): 502–9..

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    60. Цао Дж., Кусанович Д.А., Рамани В., Агамирзайе Д., Плинер Х. А., Хилл А.Дж. и др. Совместное профилирование доступности хроматина и экспрессии генов в тысячах отдельных клеток. Наука. 2018;361(6409):1380–5.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    61. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, et al. Генетическая изменчивость IL28B предсказывает элиминацию вируса, вызванную лечением гепатита С. Природа. 2009 г.;461(7262):399–401.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    62. Grundberg E, Small KS, Hedman ÅK, Nica AC, Buil A, Keildson S, et al. Картирование цис- и трансрегуляторных эффектов во многих тканях у близнецов. Нат Жене. 2012;44(10):1084–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    63. Онмахт Дж., Мэй П., Синкконен Л., Крюгер Р. Отсутствие наследственности при болезни Паркинсона: новая роль некодирующих генетических вариаций. J Neural Transm. 2020 г. https://doi.org/10.1007/s00702-020-02184-0.

      Артикул пабмед Google ученый

    64. Кроули Дж.Дж., Жаботинский В., Сунь В., Хуан С., Пакатчи И.К., Ким Й. и др. Анализ экспрессии аллель-специфического гена в сильно дивергентных скрещиваниях мышей выявляет распространенный аллельный дисбаланс. Нат Жене. 2015;47(4):353–60.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    65. Nott A, Holtman IR, Coufal NG, Schlachetzki JCM, Yu M, Hu R, et al. Карты интерактома энхансер-промотор, специфичные для типа клеток мозга, и ассоциация риска заболевания. Наука. 2019;366(6469):1134–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    66. «>

      Bogue MA, Philip VM, Walton DO, Grubb SC, Dunn MH, Kolishovski G, et al. База данных фенотипов мышей: репозиторий данных и набор для анализа тщательно подобранных данных о первичных фенотипах мышей. Нуклеиновые Кислоты Res. 2020;48(Д1):Д716–23.

      КАС пабмед Google ученый

    67. Albert FW, Bloom JS, Siegel J, Day L, Kruglyak L. Генетика трансрегуляторных вариаций экспрессии генов. Wittkopp PJ, редактор. электронная жизнь. 2018;7:e35471.

    68. Лю Х, Ли Йи, Притчард Дж.К. Транс-воздействие на экспрессию генов может привести к омнигенному наследованию. Клетка. 2019;177(4):1022-1034.e6.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    69. Бем Дж., Брожко Н., Чакраборти С., Липец М.А., Козинский К., Нагальский А. и другие. Передача сигналов Wnt/β-катенина при развитии мозга и психических расстройствах: не забывая о TCF7L2. ФЭБС лат. 2019;593(13):1654–74.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    70. Winham SJ, Cuellar-Barboza AB, Oliveros A, McElroy SL, Crow S, Colby C, et al. Полногеномное ассоциативное исследование биполярного расстройства с учетом влияния индекса массы тела выявило новый аллель риска в TCF7L2. Мол Психиатрия. 2014;19(9):1010–6.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    71. Sittig LJ, Carbonetto P, Engel KA, Krauss KS, Barrios-Camacho CM, Palmer AA. Генетический фон ограничивает обобщаемость отношений генотип-фенотип. Нейрон. 2016;91(6):1253–9.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    72. Corces MR, Trevino AE, Hamilton EG, Greenside PG, Sinnott-Armstrong NA, Vesuna S, et al. Улучшенный протокол ATAC-seq уменьшает фон и позволяет исследовать замороженные ткани. Нат Методы. 2017;14(10):959–62.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    73. Ли З., Шульц М.Х., Лук Т., Бегеманн М., Зенке М., Коста И.Г. Идентификация сайтов связывания факторов транскрипции с использованием ATAC-seq. Геном биол. 2019;20(1):45.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    74. Фэн Дж., Лю Т., Цинь Б., Чжан Ю., Лю Х.С. Идентификация обогащения ChIP-seq с использованием MACS. Нат Проток. 2012;7(9): 1728–40.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    75. Хайнц С., Беннер С., Спанн Н., Бертолино Э., Лин Ю.С., Ласло П. и др. Простые комбинации транскрипционных факторов, определяющих происхождение, задают цис-регуляторные элементы, необходимые для идентичности макрофагов и В-клеток. Мол Ячейка. 2010;38(4):576–89.

      КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

    76. Эндрюс С. FastQC: инструмент контроля качества для высокопроизводительных данных последовательностей. 2010.

    77. Schubert M, Ermini L, Sarkissian CD, Jónsson H, Ginolhac A, Schaefer R, et al. Характеристика древних и современных геномов путем обнаружения SNP и филогеномного и метагеномного анализа с использованием PALEOMIX. Нат Проток. 2014;9(5):1056–82.

      КАС пабмед Статья Google ученый

    78. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, et al. Формат выравнивания/карты последовательностей и SAMtools. Биоинформатика. 2009 г.;25(16):2078-9.

      ПабМед ПабМед Центральный Статья КАС Google ученый

    79. «>

      Адамс М.Д., Целникер С.Э., Холт Р.А., Эванс К.А., Гокейн Д.Д., Аманатиды П.Г. и др. Последовательность генома Drosophila melanogaster. Наука. 2000;287(5461):2185–95.

      ПабМед Статья Google ученый

    Скачать ссылки

    Благодарности

    Мы хотели бы поблагодарить Drs. Орельен Жинолхак и Антула Геньо за поддержку биоинформатического анализа, д-р Джалил Кувар (Ветеринарный центр Люксембургского университета) за помощь в разведении экспериментальных мышей, д-р Раши Гальдер из центра секвенирования LCSB за высокопроизводительное секвенирование и Серхио Хельгета за Помогите с выделением ядер. Вычислительный анализ, представленный в этой статье, был выполнен с использованием средств HPC Люксембургского университета.

    Финансирование

    LS и MB выражают благодарность Люксембургскому национальному исследовательскому фонду (FNR) за поддержку (грант FNR CORE C15/BM/10406131). LS и JO хотели бы поблагодарить Fondation du Pélican de Mie et Pierre Hippert-Faber и Luxembourg Rotary Foundation за финансирование. MHT, PG и MB выражают благодарность профессору М. Миттельбронну, финансируемому грантом FNR PEARL P16/BM/111, за поддержку.

    Информация об авторе

    Авторы и организации

    1. Факультет наук о жизни и медицины (DLSM), Люксембургский университет, Бельво, Люксембург

      Yujuan Gui, Jochen Ohnmacht, Thomas Sauter & Lasse Sinkkonen

    2. Люксембургский центр системной биомедицины (LCSB), Люксембургский университет, Бельво, Люксембург

      Kamil Grzyb, Ohnma Puel, Jélanie Garchen Buttini & Alexander Skupin

    Авторы

    1. Yujuan Gui

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия

    2. Kamil Grzyb

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    3. Мелани Х. Томас

      Просмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    4. Jochen Ohnmacht

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    5. Pierre Garcia

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    6. Manuel Buttini

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    7. Александр Скупин

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    8. Томас Заутер

      Посмотреть публикации автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    9. Lasse Sinkkonen

      Просмотр публикаций автора

      Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

    Contributions

    YG, MB и LS задумали проект. YG, KG, JO, AS, TS и LS разработали эксперименты. YG и KG выполнили snATAC-seq. YG и JO выполнили объемную ATAC-seq, а YG провела эксперименты ChIP-seq. Мышиные ткани, приготовленные MHT и PG. YG провел весь биоинформационный анализ с помощью TS и LS. YG и LS проанализировали результаты. MB, TS и LS предоставили финансирование. YG и LS написали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

    Автор, ответственный за переписку

    Переписка с Лассе Синкконен.

    Декларация этики

    Утверждение этики и согласие на участие

    Протокол животных был одобрен Комитетом по этике экспериментов на животных (AEEC) в соответствии с национальными рекомендациями закона о защите животных в Люксембурге ( Регламент великого герцога , принятый в январе 11 января 2013 г.).

    Согласие на публикацию

    Не применимо.

    Конкурирующие интересы

    Авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

    Дополнительная информация

    Примечание издателя

    Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и ​​институциональной принадлежности.

    Дополнительная информация

    Дополнительный файл 1: Рисунок S1.

    snATAC-seq на вентральной части среднего мозга C57BL/6J и A/J выявил доступность хроматина, специфичного для типа клеток. Рисунок S2. h4K27ac ChIP-seq и ATAC-seq, коррелирующие с экспрессией генов. Рисунок S3. Дифференциальные пики могут выявить специфические для штамма ТФ.

    Дополнительный файл 2: Таблица S1.

    Композиция клеточного типа в вентральной части среднего мозга C57BL/6J и A/J в snATACseq. Типы клеток и идентифицированные номера клеток указаны для обоих штаммов.

    Дополнительный файл 3

    : Таблица S2. Гены идентичности клеточного типа, определенные из существующей scRNA-seq. Официальные символы генов для идентифицированных генов клеточной идентичности перечислены под каждым соответствующим типом клеток.

    Дополнительный файл 4

    : Таблица S3. Анализ обогащения генов идентичности клеточного типа, определенных из существующей scRNA-seq. Представлены результаты обогащения GO для генов клеточной идентичности для каждого типа клеток. Анализ обогащения был выполнен с использованием идентификаторов терминов Enrichr и GO, значения обогащения p , баллы и идентифицированные имена генов предоставлены для каждого термина GO.

    Дополнительный файл 5

    : Таблица S4. Пики идентичности клеточного типа, определенные путем связывания специфических для клеточного типа пиков с регуляторными областями генов идентичности клеточного типа. Координаты хромосом для всех пиков идентичности клеток предоставляются для каждого типа клеток.

    Дополнительный файл 6

    : Таблица S5. Предполагаемые регуляторные варианты. Координаты хромосом и основные/альтернативные аллели приведены для 3909 вариантов, расположенных в пределах следов TF в активных энхансерах и обозначенных как предполагаемые регуляторные варианты.

    Дополнительный файл 7

    : Таблица S6. Дифференциально экспрессируемые гены из последовательностей последовательностей РНК вентральной части среднего мозга между C57BL/6J и A/J. Каждый штамм имеет 12 повторностей (6 самцов и 6 самок). Дифференциальные гены определяются как 92 116 p 92 117 adj < 0,05.

    Дополнительный файл 8

    : Таблица S7. Дифференциальные пики h4K27ac между C57BL/6J и A/J. Хромосомные координаты пиков и p — для каждого дифференциального пика указаны значения знаковой разницы между штаммами ( p  < 1 x 10 -18 ).

    Дополнительный файл 9

    : Таблица S8. Предполагаемые вышестоящие регуляторы между C57BL/6J и A/J. Предсказанные вышестоящие регуляторы получены из IPA на основе дифференциально экспрессируемых генов из объемной РНК-последовательности среднего мозга между C57BL/6J и A/J ( p adj <0,05, log2FC>1).

    Права и разрешения

    Открытый доступ Эта статья находится под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 International License, которая разрешает использование, совместное использование, адаптацию, распространение и воспроизведение на любом носителе или в любом формате, при условии, что вы укажете соответствующую ссылку на оригинальный автор(ы) и источник, предоставьте ссылку на лицензию Creative Commons и укажите, были ли внесены изменения. Изображения или другие сторонние материалы в этой статье включены в лицензию Creative Commons на статью, если иное не указано в кредитной строке материала. Если материал не включен в лицензию Creative Commons статьи, а ваше предполагаемое использование не разрешено законом или выходит за рамки разрешенного использования, вам необходимо получить разрешение непосредственно от правообладателя. Чтобы просмотреть копию этой лицензии, посетите http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. Отказ Creative Commons от права на общественное достояние (http://creativecommons.

You may also like...

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *